ท่าเรือพาณิชย์สัตหีบ – กองทัพเรือ เป็นหน่วยงานขึ้นตรงต่อกองทัพเรือ มีคณะกรรมการบริหารท่าเรือพาณิชย์สัตหีบ – กองทัพเรือ เป็นผู้ควบคุมกำกับดูแลให้เป็นไปตามนโยบายของกองทัพเรือ และได้มีการจัดส่วนราชการออกเป็น ๓ ฝ่าย คือ


          - ฝ่ายอำนวยการ มีแผนกต่างๆ ในกองบังคับการ การท่าเรือสัตหีบ ฐานทัพเรือสัตหีบ
          - ฝ่ายปฏิบัติ มีท่าเรือจุกเสม็ด การท่าเรือสัตหีบ ฐานทัพเรือสัตหีบ และกองบริการ การท่าเรือสัตหีบ ฐานทัพเรือสัตหีบ
          - ฝ่ายสนับสนุน มีท่าเรือแหลมเทียน การท่าเรือสัตหีบ ฐานทัพเรือสัตหีบ และท่าเรือทุ่งโปรง การท่าเรือสัตหีบ ฐานทัพเรือสัตหีบ